Kan bero på mycket har själv haft problem.
Det går att sätta sadeln längre bak, sätt den så långt bak det går. Skulle du då få ont i ländryggen kan det bero på att avståndet mellan sadel och styre blivit för långt (kanske lättare till det om man haft diskbråck). Det problemet löser du med en kortare styrstam som eventuellt också pekar lite uppåt, men främst kortare. Detta löste mitt problem ett tag
Nästa gång jag fick ont i knä så hade jag för kort lårmuskulatur dvs hade stretchat för dåligt. Stretcha lårmuskulaturen efter varje gång du cyklat, gärna oftare. Stretcha länge, inga 10s fusk, och gärna så det sträcker rejält. Fungerade perfekt men det kan ta någon/några månader så ge inte upp.
Tredje anledningen kan vara som du säger, nybörjaront. Även om du känner dig utvilad i muskulaturen så tar det längre tid för ligament, senfästen mm att vänja sig vid den nya belastningen, vilket finns gott om i knäna. Vila mellan turerna är ett måste, du får ta bilen då och då:) Ignorerar man det här kan det bli serious trouble.
4:e anledning: Inte skjälv drabbad men man kan få ont om man cyklar på för tunga växlar. Ytnyttja växlarna och försök få någorlunda jämn belastning. Självklart kan man inte cykla på lättaste växlarna så benen vevar som en propeller, cykla med ett motstånd som du kan hålla under längre tid... lite fingertoppskänsla.
Cykla inte skiten ur dig i början även om du psykiskt klarar av det. Finns många fler anledningar men tänk på det här så löser det sig förhoppningsvis :)