Jag skriver och arrangerar för det mesta "klassisk" instrumentalmusik; blåskvintett, ensembler med stråkar, blåsorkester, senast symfoniorkester. För mig har kombinationen av programmen noteedit och lilypond fungerat bra - kanske fungerar de för dig.
noteedit är ett notredigeringsprogram - det är till för att redigera noter och få dem till ett digitalt format; skriva in, klippa, klistra, transponera, osv. Man kan jobba med både tangentbord och mus, och provlyssna under gång. Lär finnas keyboard-stöd också. Det är inte WYSIWYG (har inte ens utskriftsfunktion), men ganska lättanvänt och grafiskt, och gör själva musikskrivandet bra. Det är gammalt, men har de funktioner som behövs.
http://noteedit.berlios.de/
lilypond är ett nottypsättningsprogram (de kallar det själva "music engraver") och är i högsta grad "state of the art". Lilypond tar en musikdefinition (i mitt fall gjord med noteedit) och gör snygga partitur och stämmor i PDF-format. Lilypond är stabilt, aktuellt (nya versioner hela tiden på gång), och stödjer mängder av olika sorters notskrift (körmusik, mikrotonal musik, kluster, slagverk, medeltida mensuralskrift, stora orkesterpartitur osv). Lilypond-utvecklarna har förkärlek för gamla tiders estetiska (och därmed lättlästa) partitur.
http://www.lilypond.org/
Använder själv Debian GNU/Linux, men programmen kan nog fungera under Windows och OS/X; i alla fall lilypond gör det. Gillar på sätt och vis att ha uppdelat; att ha flera samarbetande program som var för sig gör "en" sak, men gör den bra. Finns många andra bra notredigeringsprogram i Linux-arkiven, bl.a. "Denemo", som kanske ersätter noteedit.